En el punto de mira de la Inquisición por motivos que aún no están del todo claros, puede que por tener contacto con algunos protestantes o sus ideas, su obra del Atlas fue censurada en algunos puntos o, incluso, el atlas completo en algunos lugares y ediciones. Sin embargo, la edición que aquí nos ocupa fue editada posteriormente, y revisada por un censor de la inquisición española que, curiosamente, vio con buenos ojos algunos comentarios del protestante Hondius, ya que arremetía contra el enemigo común, los musulmanes y la ley mahometana.

Se puede considerar al Atlas de Mercator como la más bella herramienta de cartografía. No sólo su utilidad fue requerida por personajes de diversas alcurnias, sino que su belleza cautivó a coleccionistas y admiradores de la cartografía. Cada mapa tiene señaladas las ciudades o lugares más importantes, representados con algún dibujo relacionado. También han sido los textos que acompañan a los mapas parte de la clave que hacen de este Atlas algo único, pues le confieren un carácter universal y didáctico. Los detalles de los dibujos, inclusive aquellos de la introducción son propios de unas manos hábiles y artísticas, llevadas por la mente de un científico, un admirador del mundo de la cosmografía, que investigó y estudió cada detalle antes de querer incluirlo en esta magnífica obra.